Flaga Baszkortostanu (ros. Флаг Республики Башкортостан, baszk. Башҡортостан Республикаһы флагы) – jeden z symboli Baszkortostanu obok godła, obowiązująca od 25 lutego 1992. Zarejestrowana w Państwowym heraldycznym rejestrze Federacji Rosyjskiej (NHR) pod numerem 165.
Historia W 1917 powstał niezależny , który istniał do 1919. W tym samym roku jeden z działaczy emigracyjnych zaprojektował flagę, która składała się z trzech równych poziomych pasów: błękitnego, zielonego i białego. Rok później rząd dekretem nr 4547 zatwierdził ją jako oficjalną flagę Baszkirii i opublikował ją: w lokalnej gazecie 19 czerwca, a w biuletynie rządowym 20 sierpnia. Obowiązywała ona do przyłączenia Baszkirii w czasie wojny domowej do Rosji Radzieckiej w 1919.
Od 1925 do 1992 flagą Baszkortostanu była flaga Baszkirskiej Autonomicznej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej, czyli flaga Rosyjskiej Federacyjnej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej (lub jej zmieniona wersja), ze skróconą nazwą republiki w językach: rosyjskim i baszkirskim. Przez ten czas kilkukrotnie ulegała ona zmianom, ostatni raz w 1954.