W trakcie wojny lotnisko było wykorzystywany wyłącznie do celów wojskowych i znajdowało się pod kontrolą Luftwaffe. Od 1944 siły alianckie zrzuciły na płytę i obiekty lotniska około 2000 bomb, zaś w marcu 1945, na krótko przed wycofaniem się, oddziały Wermachtu wysadziły w powietrze pozostałe budynki, w tym składy paliwa. 25 marca 1945 wojska amerykańskie wkroczyły na teren lotniska. Latem tego samego roku zbudowały one betonowy pas startowy o długości 1800 metrów i szerokości 45 metrów, który stał się poprzednikiem dzisiejszego południowego pasa startowego 07R/ 25L.
W 1948, podczas pierwszego kryzysu berlińskiego, lotnisko we Frankfurcie odegrało kluczową rolę w zapewnieniu mostu powietrznego do Berlina ramach Operacji Vittles. Z Rhein-Main startowały samoloty dostarczające zaopatrzenie do zachodniego Berlina, który był odcięty przez radziecką blokadę. W ramach tej operacji lotnisko obsłużyło tysiące lotów transportowych, co umocniło jego znaczenie strategiczne.