Kiedy jednak w 1646 roku starosta makowski i różański, Wojciech Wessel, został powołany na „nowy” urząd chorążego nadwornego, doszło do trwałego ukształtowania się w systemie administracyjnym Rzeczypospolitej dwóch oddzielnych urzędów: chorążych wielkich i chorążych nadwornych.
Obowiązki chorążego koronnego Chorąży wielki koronny nosił chorągiew wielką królestwa przy królu, w czasie najważniejszych ceremonii dworskich takich jak koronacje, pogrzeby, hołdy pruskie i kurlandzkie. Stał zazwyczaj po prawej stronie monarchy. W 1633 doszło na tym tle do sporu z miecznikiem wielkim koronnym, który też chciał zająć to miejsce.
Chronologiczny spis chorążych (wielkich) koronnych Ambroży Pampowski Mikołaj Gardzina Lubrański Zawisza Róża z Borszowic Piotr Szydłowiecki Mikołaj Szydłowiecki Stanisław Chroberski Marcin Wolski Augustyn Kotwicz Rafał Jakubowski Stanisław Sęcygniowski Mikołaj Ligęza Jan Wieruski Zygmunt Zebrzydowski Erazm Dembieński Mikołaj Brzeski Bernard Maciejowski Marek Sobieski Sebastian Sobieski Stefan Snopkowski Prokop Sieniawski Jan Kochanowski Krzysztof Koniecpolski Aleksander Koniecpolski Jan III Sobieski Andrzej