Napoleon Lucjan był słabego zdrowia, skromny i głęboko pobożny, pragnął się zajmować dobroczynnością i nie dążył do zaszczytów i wysokich urzędów, ale tu jego pochodzenie stało mu się przeszkodą: Napoleon III mianował go jałmużnikiem dworu cesarskiego, a papież Pius IX tajnym szambelanem. Jako kuzyn cesarza nie mógł odmówić przyjęcia tych godności.
W roku 1867 wojska francuskie uratowały (po raz ostatni) istnienie Państwa Kościelnego przed zakusami włoskiej monarchii dynastii sabaudzkiej. Napoleon III pragnął, by papież w zamian za pomoc mianował kardynałem arcybiskupa paryskiego Darboy (rozstrzelanego później w czasie Komuny Paryskiej), którego Pius IX nienawidził ze względu na jego poglądy na dogmat o nieomylności papieskiej. By wyjść z impasu, Pius IX zdecydował się nadać kapelusz kardynalski skromnemu proboszczowi Bonaparte, który nie był nawet wyświęcony na biskupa i miał tylko 40 lat.
13 marca 1868 w czasie posiedzenia konsystorza Napoleon Lucjan otrzymał godność kardynalską z tytułem prezbitera Santa Pudenziana, który to zamienił 19 września 1879 na tytuł San Lorenzo in Lucina.