Reguły przejść muszą być zdefiniowane obok przestrzeni stanów oraz zdefiniowanego sąsiedztwa, ponieważ w innym przypadku automat nie mógłby ewoluować.
Warunki początkowe Ważnym elementem konstrukcyjnym automatów komórkowych są warunki początkowe, czyli stany poszczególnych komórek w zerowej iteracji, czyli na samym początku. To od ustawienia początkowego komórek zależy dalsza ewolucja automatu, jego zachowanie, stan końcowy, tym samym powodzenie całej symulacji.
Niektóre automaty komórkowe z założenia muszą mieć w odpowiedni sposób ustalone warunki początkowe. Weźmy pod uwagę Heavy triangles, układ ten zaczyna się od jednej komórki uaktywnionej umieszczonej w środku siatki 1D. Przykładowo w Game of Life, to od warunków początkowych zależy czy w efekcie końcowym otrzymamy wszystkie komórki martwe, czy też komórki, które będą żyły w cyklicznych formach, czy też będą do samego końca powstawały chaotycznie. Od ustawienia warunków początkowych może również zmienić się przynależność automatu komórkowego do różnych klas Stephena Wolframa – opisanych poniżej.