Po odejściu z władz krajowych SD w 1981 sprawował m.in. funkcję przewodniczącego Stołecznego Komitetu SD (od lutego do maja 1985). W wewnątrzpartyjnym głosowaniu na XIII kongresie w kwietniu 1985 ponownie wybrany przewodniczącym CK SD – wygrał wówczas rywalizację z Edwardem Kowalczykiem ubiegającym się o reelekcjęNa Kowalczyka w ostatniej turze głosowania padło 307 głosów, na Młyńczaka – 356. 9 delegatów oddało głosy nieważne. O szczegółach XIII Kongresu: Waldemar Żebrowski, Stronnictwo Demokratyczne w warunkach demokratyzacji ustroju politycznego, Wydawnictwo Olsztyńskiej Szkoły Wyższej, Olsztyn 2003, s. 125.. Podczas drugiej kadencji na stanowisku przewodniczącego SD wystąpił z planem ograniczonych reform w krajuJanusz Herz, Widziane z trzeciego planu..., s. 77–85. Stronnictwo domagało się wówczas m.in. zamiany większości dla Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej w Sejmie na rzecz większości dla trójpartyjnej koalicji PZPR–Zjednoczone Stronnictwo Ludowe–SD. Na XIV zjeździe Wojewódzkiego Komitetu SD w Olsztynie 6 stycznia 1989 Tadeusz W. Młyńczak jako pierwszy w historii polityk PRL zgłosił postulat zmiany nazwy państwa na „Rzeczpospolitą Polską” oraz przywrócenia godłu państwowemu koronyWaldemar Żebrowski, Z dziejów Stronnictwa Demokratycznego w Polsce, Wydawnictwo „Rekpol”, Bydgoszcz 1999, s. 101.