W ten sposób udało mu się zapobiec przejęciu firm przez zarządcę wyznaczonego przez Niemców.

Od czerwca 1942 do sierpnia 1944 Miep wraz ze swoim mężem oraz współpracownikami Victorem Kuglerem, Johannesem Kleimanem i Bep Voskuijl pomagali w ukrywaniu Edith i Ottona Frank, ich córek Margot i Anne, Hermanna i Augustę van Pelsów, ich syna Petera i Fritza Pfeffera w kryjówce na tyłach oficyny ich biura w Amsterdamie. Zgodnie z ustanowionym prawem za pomoc Żydom w ukrywaniu się groziło rozstrzelanie. W praktyce wyroki były nie tak ciężkie; najczęściej osoby pomagające skazywano na około 6 miesięcy ciężkich robót.

Rankiem 4 sierpnia 1944 roku anonimowy informator przekazał wiadomość do gestapo dotyczącą grupy ukrywającej się w kamienicy przy Prinsengracht (po wojnie zostały przeprowadzone trzy niezależne śledztwa; żadne nie ujawniło nazwiska informatora). Tego samego dnia cała grupa została aresztowana, a wraz z nimi Victor Kugler i Johannes Kleiman. Miep Gies uniknęła aresztu, ponieważ żołnierz, który miał ją aresztować, był tak jak i ona Austriakiem. Kobieta bezskutecznie zaoferowała mu pieniądze w zamian za uwolnienie jej przyjaciół.