Opanowanie sytuacji drogo kosztowało Krzysztofa: musiał on ustanowić południową Jutlandię (czyli późniejszy Szlezwik) samodzielnym hrabstwem zarządzanym przez Waldemara (choć nadal w granicach Danii). Sytuacja ta ciążyła nad historią Danii przez kolejne siedemset lat, a jej skutki są odczuwalne do dziś.
Po zawarciu porozumienia z Waldemarem Krzysztof I porządkował sprawy swego królestwa, dążąc do centralizacji i wzmocnienia władzy królewskiej i utrzymania dobrych stosunków ze Szwecją i Norwegią. Za panowania króla ukształtował się ostatecznie parlament duński (Danehof). Przez cały okres swojego panowania Krzysztof I był w konflikcie z kościołem duńskim i papieżem. Na okres rządów króla przypada konflikt z arcybiskupem Lund Jakubem Erlandsenem, który walczył o poszerzenie przywilejów i immunitetów Kościoła. Na synodzie w Vejle abp Jakub wymusił prawa, które pozwalały obłożyć królestwo Danii interdyktem w razie poszkodowania któregokolwiek z biskupów. W 1259 król uwięził arcybiskupa, co spowodowało obłożenie królestwa interdyktem, ale większość biskupów stanęła po stronie króla. Jednakże pozostali biskupi wezwali na pomoc wojska księcia Rugii Jaromara II i księcia Szlezwika Eryka, syna króla Abla. Najeźdźcy pokonali wojska królewskie, zdobyli Kopenhagę i Bornholm.