Ksiądz rzymskokatolicki Jan Kowalski pochodził z rolniczej rodziny z Latowicza pod Mińskiem Mazowieckim. Był synem Jana Kowalskiego i Katarzyny z domu SitekBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 438.. W latach 1889–1897 był alumnem Seminarium Duchownego w Warszawie, a następnie studentem Akademii Duchownej w Sankt PetersburguZ dziejów Królestwa. Wydanie jubileuszowe. Praca zbiorowa pod redakcją Józefa Marii Rafaela Wojciechowskiego. Wydawnictwo Kościoła Katolickiego Mariawitów, Felicjanów 1972, s. 117..
Święcenia kapłańskie otrzymał 24 kwietnia 1897 r. w Warszawie z rąk biskupa pomocniczego mohylewskiego, Franciszka Albina SymonaBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 440.. Następnie pełnił posługę duchowną w parafiach katolickich w Łodzi, Warszawie, Niesułkowie i Starej SobótceBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z.