Dudek starał się zachowywać neutralność w konfliktach narodowościowych.
W czasie II wojny światowej, w grudniu 1939 roku zawieszono polskie nabożeństwa, a w miejsce polskich pieśni śpiewano łacińskie. Siostry jadwiżanki na początku 1940 roku musiały przenieść się z przedszkola do domu przy obecnej ul. Leśnego Potoku, pozostając na terenie parafii, przez co zaczęły zajmować się pracą na rzecz kościoła. W 1943 roku Niemcy zarekwirowali trzy z czterech dzwonów, pozostawiając najmniejszy – św. Annę.
Lata powojenne thumb|Odpust u Babci Anny w Nikiszowcu w 2013 roku 23 maja 1945 roku nowe komunistyczne władze z przyczyn politycznych przekazały ks. proboszczowi Pawłowi Dudkowi kartę wysiedlenia. Dla władz ks. proboszcz był osobą za bardzo sprzyjającemu Niemcom. Decyzji tej nie zaakceptowały władze kościelne, nie pozbawiając ks. funkcji proboszcza, którym był formalnie do śmierci w 1964 roku. Nowym administratorem został ks. Alfons Tomaszewski, lecz nie posługiwał on długo, gdyż już 1 września 1946 roku jego miejsce zajął ks. Lucjan Pitlok. Siostry jadwiżanki powróciły do pierwotnie zajmowanego budynku, gdzie opiekowały się chorymi i zajmowały się prowadzeniem przedszkola, lecz już w 1951 roku władze zmusiły siostry do opuszczenia placówki i przekazani jej osobom świeckim.