W listopadzie 1986 został ponownie wybrany na przewodniczącego OPZZ. Od 1986 należał do władz Światowej Federacji Związków Zawodowych (był członkiem Rady Generalnej).

Kierowane przez niego struktury związkowe, dopuszczone do istnienia przez komunistyczne władze PRL, zrzeszały w 1988 ok. 7 mln członków. Dawało to Miodowiczowi silną pozycję w aparacie władzy, a także pewien zakres niezależności, przejawiającej się zwłaszcza w stosunku do polityki rządu. Jako przewodniczący OPZZ atakował rząd Zbigniewa Messnera za nieudolność i opóźnienia we wprowadzeniu reform, krytykował rządowy projekt podwyżki cen wiosną 1987, w maju 1988 sprzeciwił się ograniczeniom działalności związkowej przewidzianym w ustawie o nadzwyczajnych uprawnieniach i upoważnieniach dla Rady Ministrów, w sierpniu 1988 domagał się dymisji rządu (co też nastąpiło we wrześniu 1988). W swoich wystąpieniach wewnątrzpartyjnych bronił zasady „jeden związek w jednym zakładzie pracy”, był przeciwnikiem podjęcia decyzji o podjęciu rozmów z NSZZ „Solidarność”, oceniając, że przyniesie to osłabienie OPZZ. W październiku 1988 wszedł jednak w skład sztabu politycznego przygotowującego rozmowy Okrągłego Stołu