Heinrich Graetz był ojcem czterech synów i jednej córki. Lato 1891, spędzał – jak miał to od kilku lat w zwyczaju – w uzdrowisku w Karlowych Warach. Odczuł tam jednak symptomy choroby serca, przerwał więc pobyt i pojechał do jednego z synów, profesora uniwersytetu w Monachium Leo Graetza. Nie udało się jednak zapobiec pogarszaniu się jego stanu zdrowia i tam zmarł. Pochowany jest na Starym Cmentarzu Żydowskim we Wrocławiu.
Poglądy Heinrich Graetz był przedstawicielem nurtu myślicieli potępiających kabalistyczną tradycję żydowską (Lauric Kaballah), powszechną zwłaszcza wśród rabinów na ziemiach polskich. Nakazywała ona takie działania, które zmierzały – według jej wyznawców – do umożliwienia przybycia Odkupiciela, Mesjasza. Graetz dowodził, że postępowanie w myśl zaleceń tej tradycji szkodzi mieszkającym wśród chrześcijan Żydom. Statut kaliski wydany w 1264 przez Bolesława Pobożnego zapewniał żydowskiej mniejszości bardzo dużą autonomię, w ramach której oni sami zobowiązani byli do przestrzegania praw zapisanych w Talmudzie.