Wówczas utrzymywał się z korespondencji do „Słowa Pomorskiego” i współpracy z gdańskimi pismami polonijnymi. Gdańsk opuścił na tydzień przed wybuchem wojny, dzięki czemu ocalił swoje życie. Sędzicki ukrywał się przez całą wojnę w różnych miejscach w okolicach Kościerzyny. Sędzicki był bardzo podobny do brata, co pozwoliło mu uniknąć śmierci, gdy podczas aresztowania w Foshucie sąsiedzi stwierdzili, że schwytano nie Franciszka Sędzickiego, lecz jego brata Jana.
Po powrocie do zniszczonego Gdańska zatrudnienie znalazł w Bibliotece Miejskiej. Nadal dużo pisał o Kaszubach, ich kulturze i języku.
Otrzymał wiele wyróżnień i nagród, m.in. nagrodę literacką miasta Gdańska (1951).
Umarł w wieku 75 lat w 1957. Został pochowany na gdańskim Cmentarzu Srebrzysko (rejon VI, kwatera II-miejsce leśne-441).
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1955) Srebrny Wawrzyn Akademicki (4 listopada 1937) „za szerzenie zamiłowania do literatury polskiej za granicą”.
Wybrane prace Baśnie Kaszubskie, Gdańsk: Oddział Miejski Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego, 1979 Dumki z kaszubskich pól 1911, Godka o Januszu Skwierku 1923, W walce o polskość Pomorza 1925, Jaromar...