Aktualnie na stokach Cergowej zidentyfikowano ok. 10 jaskiń szczelinowych o dł. do 75 m (głównie na południowym stoku zachodniego ramienia – tzw. Borsucze Dziury). Są to m.in.: Jaskinia Pod Bukiem – jedna z największych, ma dwie spore komory i kilka długich, lecz niedostępnych korytarzy o łącznej długości 34 mTen i następne wymiary podano za Wykazem jaskiń Beskidu Niskiego, stan na 4 kwietnia 2008 r. i głębokości 7 m. Jaskinia Gdzie Samolot Spadł – jej nazwa upamiętnia katastrofę niemieckiego samolotu podczas II wojny światowej. Położona jest na wysokości ok. 680 m, na północny wschód od połączenia szlaku czerwonego z szeroką przecinką, biegnącą ze wschodniego wierzchołka góry na południowy zachód. Przy Szkółce (długość 47 m i 6 m głębokości). Na Wierzchowinie (w istocie dwie jaskinie, długość większej 20 m i 5 m głębokości). Jaskinia Gdzie Wpadł Grotołaz (długość 75 m i 14,5 m głębokości).
Jaskinie Cergowej należą do najwcześniej opisywanych w Polsce. Wzmiankowane były przez ks. Gabriela Rzączyńskiego w dziele Auctuarrium historiae naturalis Regni Poloniae z 1736 roku. Wiążą się z nimi liczne podania, m.in.