We Fryburgu zapisał się na studia teologiczne, następnie przeniósł się na prawo. W nowym kręgu akademickim zetknął się z Ferdynandem Bieszkiem, który skupiał lokalne środowiska polskie i kaszubskie, będąc dla Karnowskiego autorytetem i wzoremJ. Borzyszkowski, C. Obracht – Prondzyński, Młodokaszubi. Szkice biograficzne, Gdańsk 2012, s. 166. Na studiach popełnił wiele referatów, jednakże najważniejszym dziełem z tego okresu była praca o „rozwoju narodowości polskiej w Prusach zachodnich w XIX stuleciu”, którą następnie opublikowano w „Gryfie” pod tytułem „Ludność kaszubska w ubiegłym stuleciu”C. Obracht – Prondzyński, op. cit., s. 92oraz wydanie tomiku wierszy „Nowotne spiewe” (Poznań 1910 r.). W tym okresie Karnowski poszerzył również swoje kontakty z wybitnym badaczem kaszubszczyzny tj. Friedrichem Lorentzem, z którym wraz z Majkowskim spotkali się w KartuzachIbidem, s. 100.
W 1911 r. przeniósł się na Uniwersytet we Wrocławiu, by kontynuować studia prawnicze. Tam założył Koło Akademików Prus Królewskich, którego prezesem był jego przyjaciel Brunon GabrylewiczIbidem, s. 107;