W 1807 mieściło się tu dowództwo wojsk napoleońskich. Na zamku zamieszkał francuski generał Gaspard Gardanne oraz marszałek Michel Ney. 3 lutego 1807 gościł na zamku sam cesarz Napoleon Bonaparte, najwybitniejszy dowódca wojskowy w historii. Przed bitwą pod Olsztynem Napoleon spożył posiłek na zamku, gdzie z dużym zainteresowaniem wypytywał księdza i historyka Gerarda Gleya o ślady po Mikołaju Koperniku.

W 1845 most nad fosą zastąpiono groblą łączącą zamek z miastem, fosę zaś osuszono.

W roku 1901 powstała rejencja olsztyńska. Do czasu wybudowania w 1911 jej gmachu siedzibą prezydenta rejencji (odpowiednik wojewody) został zamek. Przeprowadzono wówczas generalny remont zamku. Zmieniono poziom podłóg w refektarzu, a w krużganku wprawiono futryny okienne i dostawiono neogotycką klatkę schodową.

W 1921 w salach zamku umieszczono muzeum. Było to wówczas muzeum regionalne o charakterze etnograficznym, którego kierownictwo znajdowało się w rękach nauczycieli olsztyńskich: Leonarda Fromma – archeologa i Hugo Hermanna Grossa – nauczyciela przyrody. Swoją wizytę w tym muzeum opisał Melchior Wańkowicz w książce Na tropach Smętka z 1936 roku

Wieżę zamkową, która straciła hełm (stożkowy dach) podczas burzy w 1821, uwieńczono ponownie w 1926, po ponad stu latach.