Jego drużyna wygrała 2 spotkanie a 4 z nich przegrała, przez co z 6 punktami zajęła ostatnie miejsce w grupie.
FC Barcelona 1 lipca 2002 roku został wypożyczony do FC Barcelona na okres do 30 czerwca 2003 roku. Opłata za wypożyczenie wynosiła półtora miliona euro. W sezonie 2002/2003 w ekipie z Barcelony rozegrał 33 spotkania ligowe, w których strzelił 4 bramki. Jego zespół zakończył rozgrywki na 6. miejscu. W Pucharze Króla jego drużyna odpadła już w 1/32 finału po porażce z klubem Novelda CF. W Lidze Mistrzów jego drużyna trafiła do grupy H z zespołami Club Brugge, Galatasaray i Lokomotiw Moskwa. FC Barcelona wygrał wszystkie sześć spotkań grupowych, a Gaizka Mendieta wystąpił w pięciu z nich. W drugiej fazie grupowej ich rywalami były Bayer 04 Leverkusen, Newcastle United i Inter Mediolan. Tym razem piłkarz wystąpił we sześciu meczach – pięciu wygranych i jednym zremisowanym – i awansował z drużyną do kolejnej rundy. W 1/4 finału jego ekipa zmierzyła się z Juventusem FC. W pierwszym meczu w Turynie padł remis 1–1, a Mendieta pojawił się na boisku w 63. minucie. W spotkaniu rewanżowym w Barcelonie po regulaminowym czasie gry również widniał wynik remisowy 1–1, więc arbiter zarządził dogrywkę, w której Juventus zdobył bramkę, eliminując tym samym Barcelonę z dalszej fazy rozgrywek. Mendieta w tym spotkaniu grał do 62.