Kariera szkoleniowa W lutym 1992 roku, osiem lat po zakończeniu piłkarskiej kariery, powrócił do sportu, tym razem w roli szkoleniowca Newcastle United. Półtora roku później mógł świętować ze Srokami awans do Premiership. Od 1994 roku pełnił w tym klubie również funkcję dyrektora sportowego i to on w dużej mierze był odpowiedzialny za sprowadzenie z Blackburn Rovers Alana Shearera, wówczas najlepszego napastnika w Anglii. Już z Shearerem w składzie Newcastle powtórzyło sukces z roku poprzedniego zdobywając w sezonie 1996-97 wicemistrzostwo ligi, dając się wyprzedzić Manchesterowi United.
Na dwa lata związał się z trzecioligowym Fulham Londyn, który, dzięki pieniądzom egipskiego milionera Mohameda Al-Fayeda, miał ambicję awansu do drugiej ligi, a następnie zawojowania Premiership. Keegan najpierw był dyrektorem sportowym w klubie, a po zwolnieniu Raya Wilkinsa w połowie 1998 roku przejął obowiązki pierwszego trenera. W następnym sezonie Fulham awansowało do przedsionka ekstraklasy.