22 stycznia ogłosił, że rozmawiał z Alanem Shearerem o możliwej współpracy, z Shearerem w roli asystenta, ale ostatecznie zrezygnowano z tego pomysłu, pozostawiając mu otwartą drogę do objęcia innych funkcji.
Keegan nie wygrał żadnego z pierwszych ośmiu spotkań po powrocie do Newcastle. 22 marca zespół odniósł pierwsze zwycięstwo podczas jego drugiej kadencji, pokonując 2:0 jego były klub, Fulham. Następnie Newcastle wygrało z Tottenhamem Hotspur i Sunderlandem, podtrzymując jego perfekcyjny bilans w derbach Tyne-Wear oraz wspinając się na szczyt ligowej tabeli formy. Ta dobra passa była w dużej mierze efektem nowego ustawienia 4–3–3, opartego na skutecznym tercecie ofensywnym: Owenie, Obafemim Martinsie i Marku Viduce. Cała trójka zdobyła 11 z 14 goli strzelonych przez klub w tym okresie, co pozwoliło Newcastle bezpiecznie oddalić się od walki o utrzymanie. Seria siedmiu meczów bez porażki zakończyła się domową przegraną z Chelsea, a sezon drużyna ukończyła na 12. miejscu.