W 1806 r. Eugeniusz poślubił Augustę Amalię (1788–1851), córkę króla Bawarii Maksymiliana I Wittelsbacha i Augusty Wilhelminy von Hessen-Darmstadt. Miał z Augusta Amelią siedmioro dzieci – pięć córek i dwóch synów: córka Józefina została królową Szwecji jako żona Oskara I córka Amelia Augusta cesarzową Brazylii, poślubiwszy cesarza Pedra I córka Eugenia została księżną Hohenzollern-Hechingen, poślubiwszy księcia Konstantyna syn Karol August był o krok od założenia dynastii Beuharnais w Portugalii, gdy ożenił się z królową Marią II da Gloria, ale zmarł nagle w dwa miesiące po przybyciu do jej kraju syn Maksymilian osiadł w Rosji i ożenił się z wielką księżną Marią Nikołajewną, córką cara Mikołaja I, otrzymując od teścia tytuł „książę Romanowski, Cesarska Wysokość” i zakładając dynastię, która odegrała w dziejach Rosji ważną rolę do chwili upadku caratu w 1917