Latem 1768 roku dołączył do konfederatów. Jego poczynania w bitwach i potyczkach nie są udokumentowane, a wymienia je tylko sam Beniowski w Pamiętnikach. Wzięty do niewoli przez Rosjan został zesłany najpierw do Kazania, a po nieudanej próbie ucieczki do Bolszeriecka na Kamczatce, dokąd trafił 4 grudnia 1770 roku. Tam zamieszkał u innego zesłańca nazwiskiem Piotr Krustiew (w źródłach rosyjskich Chruszczew lub Chruszczow), który przebywał tam już 8 lat.
Na Kamczatce Beniowski niemal natychmiast zaczął przygotowywać plan ucieczki, bowiem, jak pisał w Pamiętnikach: „W tym oto miejscu miałem zakończyć me życie...”, z czym nie mógł się pogodzić. Szybko zorganizował spisek, w wyniku którego zesłańcy opanowali miasto, a następnie galeotę „Św. Piotr i Paweł” (według źródeł rosyjskich Swiatyj Piotr), którą spiskowcy uciekli z Kamczatki. Jednym ze współuciekinierów był porucznik Baturin, skazany za próbę zamachu na carycę Katarzynę, który podobno zginął podczas wyprawy rabunkowej na Formozę. Innym był wspomniany Krustiew, który później wstąpił do służby francuskiej.