Zatoki Jezioro obfituje w liczne zatoki. Należą do nich: Zatoka Polajńska (Polańska) – najbardziej wysunięta na północ zatoka Jezioraka, w okolicach Polajńskiej Kępy oraz miejscowości Polajny i Matyty. Z niej wypływa Kanał Dobrzycki, łączący Jezioraka z Jeziorem Ewingi, Zatoka Rudnia – znajduje się na zachód od miejscowości Skitławki, Zatoka Kraga – znajduje się na zachód od miejscowości Gubławki. Przez zatokę prowadzi Kanał Iławski, który łączy się z Jeziorem Dauby, a następnie zmierza w stronę Miłomłyna, gdzie łączy się z Kanałem Elbląskim, Zatoka Zimny Kąt – znajduje się na południe od wyspy Gierczak Mały, Śmierdwy – niewielka zatoka, znajdująca się na wschód od Zatoki Zimny Kąt, Zatoka Smolna, Smolny Róg, Smolny Kąt – znajduje się na północ od Makowa, po wschodniej stronie jeziora, Sarnówek – wąska zatoka, znajdująca się na zachód od Makowa, Zatoka Widłągi – duża zatoka, do której wejście prowadzi przez Cieśninę Widłąską na północny zachód od miejscowości Jażdżówki.