Miewał trudności w szkole nie tylko z kolegami (był zawsze wyrośniętym chłopcem i przewyższał wzrostem innych uczniów), ale i z nauką. W swej tak zwanej autobiografii, pt. „Memories, Dreams, Reflections”, pisał o problemach jakie miał w pojmowaniu algebryC.G. Jung, ‘Memories, Dreams, Reflections’ „MDR”, 1963, New York, Pantheon.. Brytyjski psychoanalityk i pediatra, Donald Woods Winnicott, osądził, że było prawdopodobne, iż Jung cierpiał wówczas na depresję. Jedyna jego siostra, Johanna Gertrud, urodziła się, gdy Carl miał dziewięć lat. Później pomagała swemu bratu jako sekretarka. Ojciec Junga zmarł w 1895, gdy miał on rozpocząć studia medyczne. Rodzina Jungów nie była zamożna; pomocy udzieliła jej wówczas ciotka Carla.
Studia medyczne ukończył na Uniwersytecie Bazylejskim. W 1900 roku przeniósł się do Zurychu, gdzie objął posadę lekarza asystenta w Klinice Psychiatrii Uniwersytetu Zuryskiego (Burghölzli) – pracę zaczynał na stanowisku asystenta Eugena Bleulera. W 1902 obronił pracę doktorską O psychologii i patologii tak zwanych zjawisk tajemnych. 14 lutego 1903 poślubił Emmę Rauschenbach – trwające ponad pięćdziesiąt lat małżeństwo przyniosło pięcioro dzieci: Agathe Niehus (ur. 28 grudnia 1904), Gret Baumann (ur. 8 lutego 1906), Franz Jung-Merker (ur. 28 listopada 1908), Marianne Niehus (ur.