Pierwsze lata swej kariery zawodowej (do roku 1996 włącznie) spędził w reklamującej dżinsy ekipie Carrera. Liderem tej formacji był słynny „Diabeł”, czyli Claudio Chiappucci (drugi kolarz Tour de France 1990 i 1992 oraz Giro d’Italia 1991–1992). Podczas pierwszych kilkunastu miesięcy wśród profesjonalistów Pantani zaliczył w zasadzie tylko piąte miejsce w górskiej etapówce Giro del Trentino. Rok później, w tym samym kwietniowym wyścigu, zajął czwarte miejsce, podobnie jak w dwóch rozegranych w pierwszej połowie maja jednodniówkach: GP Industria e Artigianato oraz Giro di Toscana.
Pierwsze starty w Giro d’Italia i Tourze Pantani stał się gwiazdą kolarstwa szosowego podczas Giro d’Italia w 1994 r. Pod koniec drugiego tygodnia wyścigu, 4 i 5 czerwca, zwyciężył w obu weekendowych etapach rozgrywanych w Dolomitach. Najpierw w sobotę z przewagą 40 sekund nad niewielkim peletonikiem samych asów samotnie dotarł do Merano. Dzień później pokonał wszystkich rywali na trasie etapu, który wiódł m.in. przez skrajnie trudną przełęcz do miejscowości Aprica. Na odcinku tym uzyskał 2 minuty 52 sek. przewagi nad drugim kolarzem, swym kolegą Claudio Chiappuccim, 3 minuty 30 sek. nad obrońcą tytułu – Baskiem Miguelem Indurainem oraz 4 minuty 6 sek. nad liderem, Rosjaninem Jewgienijem Bierzinem.