Przejście do Mercatone Uno thumb|350px|Marco Pantani na podjeździe pod Alpe d’Huez 1997 Po rozwiązaniu Carrery zdrowy już Pantani znalazł pracę w ekipie , której menedżerem był w owym czasie wiekowy, lecz bardzo szanowany przez kolarzy Luciano Pezzi, zaś dyrektorem sportowym Giuseppe Martinelli, w poprzednim sezonie najważniejszy z dyrektorów Saeco.
W nowych barwach pokazał się z dobrej strony już pod koniec marca, kiedy to w ciągu jednego tygodnia zajął miejsca w czołówkach dwóch wyścigów etapowych: dziesiąte w Setmana Catalana i czwarte we francuskim (weekendowym) Criterium International. W kwietniu ukończył na trzeciej pozycji prestiżowy wyścig Vuelta al Pais Vasco, a niedługo potem finiszował też w czołówkach obu ardeńskich klasyków, zdobywając piąte miejsce w La Fleche Wallonne i ósme w Liège-Bastogne-Liège.
Giro d’Italia rozpoczął w dobrym stylu, zajmując trzecią lokatę podczas pierwszego górskiego odcinka z metą na górze Terminillo. Niestety, trzy dni później potłukł się mocno podczas etapu do Cava dei Tirreni w kraksie, którą sprowokował zabłąkany czarny kot. Następnego dnia nie przystąpił do dalszego ścigania, a sam wyścig wygrał Ivan Gotti przed Rosjaninem Pawłem Tonkowem.