Inwestorem drugiego etapu i przyszłym użytkownikiem obiektu został Rzeszowski Zakład Energetyczny, który przejął od MPEC Rzeszów obiekty wybudowane w okresie pierwszego etapu.
W trzecim etapie była planowana budowa dwóch bloków BC-50, które miały wytwarzać energię elektryczną i cieplną w skojarzeniu. Jednak przemiany polityczne i sytuacja gospodarcza kraju po 1989 roku uniemożliwiły realizację tej części projektu.
W kwietniu 1994 roku Elektrociepłownię Rzeszów Sp. z o.o wydzielono ze struktur Rzeszowskiego Zakładu Energetycznego. 1 stycznia 1997 roku elektrociepłownię przekształcono w spółkę akcyjną.
W połowie lat 90. XX wieku podjęto uchwałę o dalszej rozbudowie. 26 maja 2003 roku oddanie do użytku bloku gazowo-parowego BGP-100, poszerzyło działalność firmy o wytwarzanie energii elektrycznej w układzie skojarzonym z energią cieplną, na bazie gazu ziemnego, technologię bezpieczną dla środowiska naturalnego.
Od 1 lipca 2003 roku Elektrociepłownia Rzeszów SA prowadzi komercyjną eksploatację nowego bloku.