W willi Tugendhatowie mieszkali razem z dziećmi (w tym z późniejszym filozofem Ernstem Tugendhatem) zaledwie osiem lat, bowiem w maju 1938 r. opuścili Czechosłowację w obawie przed nazistami i już nigdy do kraju nie wrócili. Pierwotnie osiedlili się w Szwajcarii, a w styczniu 1941 r. wyemigrowali do Wenezueli. Budynek został skonfiskowany przez Gestapo w 1939 r. i był wykorzystywany jako mieszkanie oraz biuro, a jego wnętrze zostało zmodyfikowane. W 1942 r. obiekt był wynajmowany na biura wytwórni samolotów Messerschmitt. W kwietniu 1945 r. w willi stacjonowali żołnierze Armii Czerwonej. Po II wojnie światowej władze Czechosłowacji wyremontowały willę w sposób oszczędnościowy przez zamurowanie niektórych przeszkleń i wprowadzenie małych okien zamiast ruchomych szklanych ścian kurtynowych co oszpeciło architekturę i pogorszyło jej funkcjonalność"Villa Tugendhat in Brno" Peter Lizon 1996. Dom był wykorzystywany do różnorodnych celów, m.in. jako sala gimnastyczna do rehabilitacji dzieci oraz rządowy ośrodek wypoczynkowy.