W 1972 kursowały pociągi Gorzów - Poznań przez Zieleniec, Skwierzynę, Wierzbno, Międzychód, Rokietnicę. 1 sierpnia 1991 zamknięto dla ruchu pasażerskiego odcinek Gorzów - Myślibórz, a 30 maja 1992 odcinek Gorzów Zieleniec - ChyrzynoDegradacja kolei w Gorzowie. W 2011 wysunięto projekt przekształcenia tych linii w ścieżki rowerowe, choć jeszcze w 2009 na nieczynnej linii do Myśliborza kursowały pociągi towarowe z kruszywem do budowy drogi S3Na nasypach nieczynnych linii kolejowych – ścieżki rowerowe.
W związku z EURO 2012, wcielono w życie plan modernizacji i rewitalizacji dworca. W wakacje 2009 r. w budynku od strony zewnętrznej wykonano liczne prace: wymianę stolarki okiennej i drzwiowej, ocieplenie budynku oraz pomalowanie w ciepłe niebiesko-czerwone barwy. Pod koniec lutego 2010 r. zakończył się remont hali dworca. Zainstalowano ogrzewanie podłogowe oraz przechowalnię bagażu. Kasy biletowe całkowicie zmieniły swój wygląd. Sufit zmieniono na podwieszany. Prace łącznie pochłonęły 1,5 mln zł, a wraz z tymi na zewnątrz budynku – 2 mln 800 tys. zł. Oficjalne ponowne otwarcie dworca miało miejsce 16 marca 2010.
Do 1990 roku oraz w latach 2009-2011 do dworca kursowały linie tramwajowe nr 4 i 5. 2 stycznia 2024 roku, po 12 latach przerwy reaktowano linię nr 4.