Nie stroni przy tym od prowokacji artystycznych, wymierzonych we własnych fanów, np. w 1994 nagrał wraz z Mojo Nixonem płytę w stylu country. Wtedy też zarzucano mu zdradę ideałów – wpływowy zine „Maximum Rock’n’Roll” odmówił w związku z tym zamieszczania reklam Alternative Tentacles. Biafra nazwał to zachowanie „punkowym fundamentalizmem”. Został też zaatakowany i ciężko pobity przez osoby, które określiły go jako „sprzedajną gwiazdę rocka”.
W 1998 odmówił reaktywowania Dead Kennedys, co zaowocowało wytoczeniem mu procesu przez pozostałych członków zespołu, w którym oskarżyli go m.in. o przywłaszczenie sobie praw autorskich do nagrań. Biafra zarzucał im natomiast używanie muzyki Dead Kennedys w celach komercyjnych, co uznał za sprzeczne z ideałami głoszonymi przez zespół (chodziło głównie o wykorzystanie piosenki „Holiday in Cambodia” w reklamie jednej z wielkich korporacji produkujących odzież). Ostatecznie zespół został reaktywowany w 2001 bez Biafry.
W 2000 Green Party wysunęła jego kandydaturę w wyborach na prezydenta USA.
Biafra określa swoje poglądy jako anarchistyczne, jednak uważa, że ludzkość nie jest jeszcze gotowa na taką organizację społeczeństwa.