Kościół rozbudowano w wpierwszej połowie XVII wieku. Pod koniec XVIII wieku mieszkaniec Karsiboru – Dawid Kroening – w testamencie przekazał kościołowi swój majątek, jednak z zastrzeżeniem, że część tego majątku stanowić powinna żelazną rezerwę, a z odsetek tej rezerwy powinno się wspierać corocznie biednych mieszkańców Karsiboru. Resztę legatu (zapisu testamentowego), jaki narósł w roku 1825 do sumy 3250 talarów, przeznaczono w latach 1825-26 na przebudowę kościoła i w zachodniej części budowę wieży (według planów Karla Schinkla). Wydłużono także nawę i przeprowadzono prace renowacyjne.
W czasach powojennych kościół poświęcono 8 grudnia 1946, nadając mu wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP. W roku 1986 hełm wieży pokryto blachą miedzianą. 26 grudnia 1994 podczas kradzieży z włamaniem utracono pięć rzeźb powstałych w II poł. XVI w. przedstawiających Pietę, św. Mikołaja, św. Barbarę, św. Pawła oraz św. Marię MagdalenęMarek Łuczak, Policja w walce o zabytki: zbiór zagadnień z przeciwdziałania przestępczości przeciwko zabytkom, katalog zabytków i dzieł sztuki utraconych z województwa zachodniopomorskiego, Zapol, Komenda Wojewódzka Policji w Szczecinie, Fundacja "Razem Bezpieczniej", wyd. II, Szczecin 2012, s. 164-173, będących częścią niezwykle cennego gotyckiego ołtarza.