Okres Nara Na początku okresu Nara przedstawiciele wszystkich gałęzi rodu wspólnie zajmowali najwyższe stanowiska dworskie. Później poszczególne linie zaczęły ze sobą konkurować. Na czoło wybiła się linia Shikke. W 785 roku jej przedstawiciel, ulubieniec cesarza Kammu – Tanetsugu Fujiwara – został zamordowany. Winą za to obciążono przedstawicieli starożytnych rodów Ōtomo, Saeki oraz Tajihi, których pozycja została zagrożona rosnącymi wpływami Fujiwarów.
Okres Heian W 809 roku po abdykacji cesarza Heizei, doszło do otwartego konfliktu między liniami Shikke i Hokke, z którego zwycięsko wyszedł przedstawiciel tej drugiej – Fuyutsugu Fujiwara.
W okresie Heian Fujiwarowie, dzięki skutecznej polityce i intrygom, zdobyli wpływ na dwór cesarski ówczesnego państwa japońskiego, a następnie utrzymali go poprzez wydawanie kobiet za mąż za kolejnych władców. W latach 867–1068 jedenastu kolejnych cesarzy pochodziło od matki z rodu Fujiwara.