W 1991 roku, gdy upadł reżim Dergu, a władzę przejęła koalicja znana jako Etiopski Ludowo-Rewolucyjny Front Demokratyczny, patriarcha Merkorios został zmuszony do abdykacji i wraz z częścią hierarchii Kościoła uciekł do Stanów Zjednoczonych. Etiopski synod Kościoła wybrał na urząd patriarchy abp. Paulosa. Natomiast przebywający na emigracji patriarcha Merkorios oświadczył, że jego abdykacja jest nieważna, co doprowadziło do powstania alternatywnego Synodu Etiopskiego Kościoła Prawosławnego na Uchodźstwie. Synod ten został uznany przez znaczną część diaspory etiopskiej w Stanach Zjednoczonych i w Europie Zachodniej. W 2012 roku, po śmierci patriarchy Paulosa, synod w Etiopii wybrał na urząd patriarchę Mathiasa.
Po 27 latach schizma została zakończona 26 lipca 2018 r. podczas liturgii w etiopskim soborze św. Michała w Waszyngtonie. Na mocy zawartego porozumienia podpisanego w obecności premiera Etiopii dr. Abiya Ahmeda Alego oraz hierarchów obu podzielonych jurysdykcji, w miejsce Synodu Etiopskiego oraz Synodu na Uchodźstwie przywrócono jeden Synod Kościoła z