4 marca pod Barem był wśród oddziałów wojsk koronnych przystępujących do konfederacji i otrzymał stanowisko generalnego regimentarza wojsk koronnych komputowych i konfederackich, a w kilka dni później 6 marca szarżę drugiego pułkownika oraz komendę nad chorągwią w nowo formowanym pułku pod znakiem Krzyża Świętego. W dniu 16 kwietnia, po zwycięskich walkach i zajęciu Winnicy wydał uniwersał o sukcesach i wzroście sił konfederackich. Józef Pułaski ze swą Radą Wojskową 23 października przeprowadził w Żwańcu „renowację konfederacji koronnej” i na miejsce Krasińskiego wybrano na marszałka substytuta (zastępcę) Wawrzyńca Potockiego. Już jako marszałek konfederacji Potocki wydał uniwersał do wszystkich województw, ziem i powiatów, zalecając im gotowość na wypadek ogłoszenia pospolitego ruszenia.
Po uwięzieniu Pułaskiego w Dańkowicach Wawrzyniec Potocki objął funkcję marszałka związkowego, a następnie skupił wokół siebie pozostałe siły w tym synów Józefa Pułaskiego (Franciszka, Kazimierza i Antoniego). W dniu 8 marca 1769 roku kierował Wawrzyniec Potocki (a nie Kazimierz Pułaski jak twierdzi A. Pietrow, a za nim wszyscy pozostali) obroną fortyfikacji Okopów Świetęj Trójcy.