Debiutanckiego występu w sezonie urodzony w Rosenhøj zawodnik nie mógł jednak zaliczyć do całkowicie udanych, można mu było bowiem przypisać część winy za gola, którego zdobył Amr Zaki. Agger odkupił część win asystując przy wyrównującej bramce Dirka Kuyta. Ostatecznie mecz zakończył się rezultatem 3:2 dla Liverpoolu. 11 kwietnia 2009 roku Agger strzelił z niemal 30 metrów trzeciego gola swojej drużyny w wygranym 4:0 meczu przeciw Blackburn Rovers. Świętując zdobycie bramki, Agger podobnie jak pozostali strzelcy wskazał dłonią niebo, co miało być wyrazem pamięci o ofiarach tragedii na Hillsborough.
W maju 2009 Agger podpisał nowy pięcioletni kontrakt, obowiązujący do końca sezonu 2013/2014.
Sezon 2009/2010 Agger poddał się zabiegowi kontuzjowanych pleców w sierpniu 2009, po którym powrócił na boisko 25 października podczas wygranego 2:0 pojedynku na Anfield z lokalnymi rywalem Manchester United.
28 lutego 2010 roku Daniel Agger rozegrał swój setny mecz w barwach Liverpoolu, w którym jego klub pokonał w stosunku 2:1 Blackburn Rovers. Do końca sezonu Agger rozegrał kolejnych 14 spotkań. Również wówczas strzelił swojego 7. gola dla klubu trafiając piętą do bramki Benfiki Lizbona w ćwierćfinale Ligi Europy.