Z węzłów i korzeni wyrastają czasem żółtobrązowe trichomy. Korzenie Nieliczne, nitkowate, wyrastają z kłącza w węzłach. Łodyga Dorasta najczęściej do 20–50 cm wysokości (rzadko wyższe, do 80 cm). Łodyga jest trawiastozielona, wewnątrz z bardzo wąskim przewodem powietrznym, co pozwala odróżnić ten gatunek od skrzypu bagiennego, szorstka (ma 8–12 silnie wypukłych i brodawkowanych żeberek) i rozgałęziona okółkowo (zazwyczaj nieregularnie). Nierzadko pędów bocznych brak lub są one silnie skrócone. U dołu łodyga osiąga do 3–5 mm średnicy, ale w połowie wysokości zwykle nie przekracza 2 mm. Pędy boczne są zwykle 4- lub 5-kanciaste (rzadziej 6-7 kanciaste), nierozgałęzione. Pierwsze międzywęźle pędów bocznych jest krótsze od pochwy liściowej na pędzie głównym, co jest ważną cechą diagnostyczną, pozwalającą na odróżnienie tego gatunku od skrzypu polnego. Liście Na pędzie głównym wyrastają okółkowo w liczbie (4) 6-10 (12) – odpowiadającej liczbie żeberek na pędzie. Zrastają się brzegami tworząc wokół łodygi zieloną pochwę liściową zwieńczoną trójkątnie-lancetowatymi, czarnymi ząbkami z szerokim, białym obrzeżeniem. Pochwy luźno przylegają do pędu, w górze są rozszerzone. Mają długość do 12 mm i średnicę do 5 mm.