Jego ojciec sprawował rządy nad stworzonym przez ojca imperium przez 2 lata jako regent, po czym tron mongolski objął wuj Kubilaja, Ugedej. Tołujowi po śmierci ojca dostał się mongolski rdzeń imperium, co było potem źródłem potęgi i wpływów matki Kubilaja.
Po podboju cesarstwa dynastii Jin Ogedej nadał w 1236 r. rodzinie zmarłego w 1232 r. Tołuja prowincję Hebei z 80 000 gospodarstw, o które to nadanie poprosiła Sorkaktani. Kubilaj przejął majątek liczący 10 000 gospodarstw i pozwolił miejscowym urzędnikom działać swobodnie. Wskutek tego poborcy podatkowi zaczęli panoszyć się po posiadłościach, doprowadzając ludność do nędzy i sprawiając, że przychody podatkowe Kubilaja zaczęły topnieć. Zszokowany książę ukrócił patologie, sprowadzając z dóbr matki zarządców takich jak Szi TiantseIbid. s. 30..
Kubilaj sprowadził do swej ordy w Mongolii buddyjskiego mnicha z Tybetu, Haiyuna. Przyszły chan spotkał go w Karakorum w 1242 r. i zapytał o buddyjską filozofię. Mnich nazwał urodzonego w 1243 r. drugiego syna Kubilaja Zhenjin (chiń.真金 – „Prawdziwe Złoto”)Ibid. s. 39.. Dzięki Haiyunowi Kubilaj poznał także innego mnicha buddyjskiego, Liu Bingzhonga, byłego taoistę, który był także poetą, pisarzem, matematykiem i malarzem.