Pomysł stworzenia muzeum poddał w 1963 roku Zbigniew Mehoffer, syn artysty. Rodzinę Mehofferów przeniesiono do innych mieszkań, ale dopiero w 1979 roku przystąpiono do remontu, który ciągnął się do początków lat 90. Zbigniew Mehoffer nie doczekał otwarcia muzeum i zmarł w październiku 1985 roku, ale kontynuację jego inicjatywy przejął Ryszard Mehoffer (1922–2010), syn Zbigniewa, a wnuk Józefa Mehoffera. Po zakończeniu remontu budynku w 1986 roku przekazano go – wraz z ogrodem – zgodnie z wolą rodziny Muzeum Narodowemu w Krakowie, jako oddział poświęcony artyście. W 1987 roku Ryszard Mehoffer przekazał meble oraz wyroby rzemiosła artystycznego z dawnego wyposażenia domu, które pozwoliły urządzić muzealne wnętrza. W latach 1993–1995 przekazał ponadto bibliotekę, materiały ikonograficzne, fotografie i zbiór tkanin. Muzeum otrzymało również w depozyt trzy witraże, rzeźby, 120 prac olejnych, rysunków, projektów polichromii i witraży, a także drzeworyty japońskie (ok. 50 sztuk) i zespół pamiątek rodzinnych. Obiekt po pracach konserwatorskich i remontowych został otwarty w 1996 roku.