Gmach seminarium został poświęcony 28 listopada 1929 roku w obecności biskupów: Adama Stefana Sapiehy, Arkadiusza Lisieckiego, Teodora Kubiny i Stanisława Rosponda oraz profesorów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, a także przedstawicieli władz miejskich. thumb|Siedziba Seminarium w latach 1929–1981 Dnia 3 listopada 1980 bp Herbert Bednorz przeniósł uczelnię do Katowic.
W roku 1981 miała miejsce przebudowa kaplicy i głównego wejścia, autorem projektu był Mieczysław Król.
W 2015 roku seminarium zostało uhonorowane Śląską Nagrodą im. Juliusza Ligonia. W 2017 roku rozpoczął się remont seminarium, w trakcie którego dokonano termomodernizacji budynku, a także gruntownego remontu auli i kaplicy. mały|Izba pamięci bł. ks. J. Machy w Seminarium w Katowicach 2 grudnia 2021 roku patronem seminarium został bł. ks. Jan Macha.
Rektorzy okres krakowski o. Władysław Lohn SJ 1923–1924 ks. Stanisław Maśliński 1924–1935 o. Wilhelm Szymbor CM 1935– IX 1939 o. Józef Baron CM 1945–1955 ks. Jerzy Stroba 1955–1958 ks. Franciszek Jerominek 1958–1968 ks. Stanisław Szymecki 1968–1978 ks. Stefan Cichy p.o.