Zbigniew Stypułkowski, przedstawiciel rozłamowców z NOW, którzy stanowili większość sił NSZ, podpisał w imieniu organizacji umowę scaleniową z AK, co wywołało sprzeciw Związku Jaszczurczego. Spowodowało to faktyczny rozłam w NSZ i funkcjonowanie dwóch organizacji o tej samej nazwie, które nie uznawały się wzajemnie. Jedna, na czele z ppłk. Albinem Rakiem podporządkowała się dowództwu AK, zachowując pewną autonomię, a druga, skupiona wokół ppłk. Stanisława Nakoniecznikoffa-Klukowskiego, wywodząca się z dawnego Związku Jaszczurczego i politycznie kierowana przez Grupę „Szańca”, zachowała samodzielność i jeszcze bardziej zradykalizowała swój dotychczasowy kurs. Po przekroczeniu przez Armię Czerwoną linii Bugu przywódcy Grupy „Szańca” przenieśli się z Warszawy do Częstochowy i Krakowa. NSZ bezskutecznie próbowały wówczas przeprowadzić mobilizację swoich sił i realizację planu utworzenia 3 dużych zgrupowań NSZ-ZJ, które następnie ewakuowałyby się na Zachód, na tereny zajęte przez wojska amerykańskie i brytyjskie, co udało się ostatecznie jedynie Brygadzie Świętokrzyskiej. Zakładano, że w ciągu kilkunastu miesięcy po upadku III Rzeszy dojdzie do rozpadu koalicji antyhitlerowskiej i wybuchu III wojny światowej pomiędzy niedawnymi sojusznikami – ZSRR i aliantami zachodnimi.