Organizacja instytucji Akademia jest zarządzana przez Prezydenta. Jest on wybierany przez papieża spośród akademików, na odnawialną czteroletnią kadencję. Przewodniczącego wspomaga Rada Akademii i Kanclerz. Skład Rady: ustępujący prezydent na okres czterech lat; były prezydent mianowany dożywotnio przez papieża Emerytowanym Prezydentem; siedmiu radnych (od 1995 roku, decyzją Jana Pawła II) nominowanych przez papieża, na okres czterech lat, z możliwością ponownego mianowania. Rada zbiera się co najmniej dwa razy w roku. Obecnym prezydentem jest od 2017 roku prof. Joachim von Braun.
Członkowie Zreformowana Akademia ma 80 członków (od 1986 roku decyzją Jana Pawła II), którzy mają wybitne osiągnięcia w swoich dziedzinach naukowych. Kandydaci na członków są wybierani przez akademików, papież nominuje ich na całe życie. Ponadto, sprawujący urzędy: dyrektor Obserwatorium Watykańskiego, dyrektor Laboratorium Astrofizycznego Obserwatorium Watykańskiego, prefekt Biblioteki Watykańskiej, prefekt Tajnych Archiwów Watykanu, są mianowani «Akademikami pro tempore»(na czas pełnienia funkcji). Papież może także mianować honorowych członków Akademii. Wśród członków Akademii są m.in.