Awansował do wyższej klasy tej serii i wygrał ją, ustanawiając dwa rekordy toru, odnosząc cztery zwycięstwa, zdobywając pięć najszybszych okrążeń i trzy pole position. W tym samym roku zdobył nagrodę McLaren Autosport BRDC.
Formuła 3 W 2000 roku Paffett wygrał Srebrną nagrodę BRDC. Był najmłodszym, który został zdobywcą tej nagrody. W tym samym roku wygrał Formułę 3 w klasie Scholarship wygrywając 13 wyścigów, ustanawiając 13 najszybszych okrążeń i zdobywając 13 pole position. W 2001 roku. startował w Niemieckiej Formule 3 w zespole wyścigowych Keke Rosberga kończąc sezon na 6. miejscu. W następnym roku zdominował serię, nie tracąc prowadzenia w mistrzostwach.
DTM W 2003 roku przeniósł się do serii DTM z zespołem Rosberg Mercedes AMG. Zajął 11 pozycję. Rok później był drugi w samochodzie AMG-Mercedes C-klasy zespołu HWA. Wygrał cztery wyścigi, zdobył jedno pole position. W trzecim sezonie startów zdobył tytuł mistrzowski wygrywając pięć wyścigów i zdobywając cztery pole position. W tym samym roku podpisał kontrakt jako kierowca testowy zespołu McLaren w Formule 1.