Pod koniec II wojny światowej w budynku szkolnym znajdował się radziecki szpital wojskowy, a w sali gimnastycznej stajnia. Dzięki temu budynek ocalał, mimo iż okoliczne domy zostały zniszczone. Wkrótce po zakończeniu działań wojennych, pomimo złego stanu budynku, braku oświetlenia, ogrzewania, a nawet szyb w oknach, już 1 listopada 1945 szkoła rozpoczęła pracę jako III Państwowe Gimnazjum i Liceum w Gdańsku. Jej pierwszym powojennym dyrektorem został Ignacy Zys. Pomimo trudnych warunków (nauka w cyklu wieczorowym odbywała się przy świecach) i braku podręczników, młodzież wykazywała wielką chęć do nauki oraz zapał do pracy społecznej przy odgruzowywaniu miasta.
W tych czasach szkoła słynęła z dyscypliny i porządku. Spóźnienia były karane grzywną i przejściem przez gabinet dyrektora. Znana była również z życia kulturalnego: miała swoją orkiestrę, zespół teatralny, organizowała zabawy taneczne i wieczory poezji. Przejściowo, od 1950, obowiązywał 11-letni cykl nauczania, ale już od 1957 zaczęto likwidować klasy podstawowe. Od 1964 szkoła prowadzi jedynie klasy licealne. Przez kilka lat w tym samym budynku mieściło się także Technikum Geodezyjne.