Większość wykładów prowadzono w języku polskim, ale były także wykłady po rusku i łacinie w 1898 utworzono Katedrę Medycyny Sądowej i Zakład Medycyny Sądowej (od 1899 do wybuchu II wojny światowej na ich czele stał prof. Włodzimierz Sieradzki) na przełomie 1901/1902 roku miały miejsce bójki studentów ukraińskich i polskich. Starcia między studentami narastały do roku 1908, podczas nich byli ranni i zabici. w 1907 utworzono katedrę astronomii, a jej pierwszym profesorem został Marcin Ernst. Od roku akademickiego 1913/14 dyrektorem kancelarii uniwersytetu był Stanisław Postępski.
Uniwersytet Jana Kazimierza (1919–1939)
thumb|Gmach główny uniwersytetu (posejmowy) 8 listopada 1919 postanowieniem Naczelnika Państwa uniwersytetowi nadano imię założyciela – króla Jana Kazimierza (Universitas-Joannes-Casimiriano Leopoliensis)M.P. z 1919 r. Nr 255..