7 sierpnia 1817, po kongresie wiedeńskim, który wyłączył Kraków spod jurysdykcji Austrii, cesarz austriacki Franciszek I podpisał powtórny akt fundacji uniwersytetu lwowskiego z niemieckim językiem wykładowym, z trzema fakultetami (bez medycznego – zastąpił go Instytut Medyczno-Chirurgiczny, zlikwidowany w 1874). Podstawowym językiem wykładowym był niemiecki. w okresie powstania listopadowego młodzież studencka Uniwersytetu Lwowskiego tłumnie uciekała do Królestwa Kongresowego, by walczyć w szeregach powstańców. od 1833 rozpoczęła się na uniwersytecie era konspiracyjna. Powstały wówczas organizacje konspiracyjne: Związek Przyjaciół Ludu, Węglarstwo Polskie, Stowarzyszenie Ludu Polskiego itd., w których działali studenci: Franciszek Jan Smolka, Kazimierz Grocholski, Albin Dunajewski, Karol Szajnocha i in. Organizacje te były zwalczane przez policję zaborczą, zaś konspiratorzy zamykani w ciężkich więzieniach. 1842–1844 – wzniesienie nowego gmachu dla uniwersytetu. 6 kwietnia 1848, w okresie Wiosny Ludów uniwersytet uzyskał pełną autonomię i pozwolenie na prowadzenie wykładów po polsku, podpisane przez gubernatora austriackiego Franza von Stadiona. 2 listopada 1848 generał austriacki Hammerstein rozkazał zbombardować zbuntowane miasto. W wyniku bombardowania spłonęły budynki uniwersyteckie wraz z biblioteką. Z ok. 51 tys.