I etap I etap olimpiady odbywa się w drugiej połowie listopada w każdym z 13 okręgów osobno. Składa się z zadań teoretycznych. Prace są sprawdzane i oceniane w komitetach okręgowych. Uczestnik ma prawo do odwołania się od oceny swojej pracy. Na przestrzeni lat wynik konieczny do klasyfikacji do następnego etapu był różny, np. ok. 50% punktów możliwych do zdobycia. Do następnego etapu przechodzi zwykle ok. 300–500 osób.
II etap II etap odbywa się zazwyczaj na przełomie stycznia i lutego i trwa 2 dni. Jednostką, która zapewnia organizację tej części jest komitet okręgowy. W pierwszym dniu zawodnicy rozwiązują zadania teoretyczne, a w drugim wykonują zadanie laboratoryjne. Wstępnej selekcji najlepszych prac dokonują komitety okręgowe, lecz o zakwalifikowaniu się do finału olimpiady decyduje superrecenzja, czyli ocena zadań przeprowadzona przez samych autorów. Punkty zdobyte w II etapie są brane pod uwagę przy wyłanianiu składu na Międzynarodową Olimpiadę Chemiczną.