Południowe skrawki Niziny leżą na daleko mniejszej platformie scytyjskiej.
Północną część Niziny stanowi nisko wyniesiona monotonna równina, ukształtowana głównie przez zlodowacenia, z reliktami starych orogenez (Grzbiet Timański). W części centralnej występują głównie wyżyny, uwarunkowane konfiguracją krystalicznego podłoża. Południowy skraj Niziny Wschodnioeuropejskiej zajmują nadmorskie niziny.
Sieć rzeczna Niziny jest gęsta, zwłaszcza w części zachodniej i północnej. Północna część Niziny należy do zlewisk Morza Białego (Dwina, Mezeń) i Barentsa (Peczora). Centralną część Niziny zajmuje rozległa zlewnia Wołgi. Południowa część należy do zlewiska Morza Czarnego (Dniestr, Dniepr, Don). Północno-zachodni kraniec Niziny zajmuje zlewisko morza Bałtyckiego (Niemen, Dźwina i Newa). Liczne jeziora: Ładoga, Onega, Pejpus. Ponadto wiele sztucznych zbiorników wodnych, głównie na Wołdze i Dnieprze.
Największa, centralna część Niziny ma klimat umiarkowany, przeważnie kontynentalny ze względu na odległość od mórz, ku zachodowi nieco wilgotniejszy.