Po zakończeniu sezonu został uhonorowany wyróżnieniem przyznawanym przez UCI najlepszemu zawodnikowi sezonu.
2007 W porównaniu z poprzednim sezonem, 2007 był dla Hiszpana nieco gorszy. Zaliczył wiele miejsc na podium, zwyciężał stosunkowo rzadko. Najpierw wygrał Vuelta a Murcia, zajął 5. miejsce w Vuelta al País Vasco. Następnym celem była obrona tytułu króla ardeńskich klasyków. Nie powiodło się i Alejandro do domu wrócił z szóstym miejscem w Amstel Gold Race i dwom drugimi w La Flèche Wallonne i Liège-Bastogne-Liège. Dalszą cześć sezonu podporządkował Tour de France. W ramach przygotowań pojechał Critérium du Dauphiné, którego nie ukończył oraz mistrzostwa Hiszpanii, podczas których został wicemistrzem kraju. W lipcu na szosach Francji wreszcie udało mu się zrealizować marzenie – ukończyć Tour de France. Zajął 6. miejsce ze stratą 11:37 do zwycięskiego Alberto Contadora. Nie wygrał żadnego etapu, a szanse na wyższe miejsce przekreśliła jego jazda na etapach jazdy indywidualnej na czas. Po ukończeniu Touru, zdecydował nie jechać Vuelty, tylko spokojnie przygotować się do mistrzostw świata w Stuttgarcie. Wygrał jeden etap wyścigu Vuelta a Burgos, miesiąc potem udał się do Niemiec. Tu jednakże nie odegrał żadnej roli w wyścigu mistrzowskim i zajął dopiero 56. miejsce.