Drewniane wykonano z drewna szlachetnych odmian dębu i modrzewia oraz jodły syberyjskiej, wymieniając również elementy skórzane. Przywrócono także pierwotną kolorystykę szafy.
Obecnie organy mają 43 głosy, trzy klawiatury ręczne (manuały) i pedał (klawiaturę nożną). Na zespół brzmieniowy składa się ponad 2600 piszczałek cynowych i drewnianych – najdłuższe mają ponad 5 m długości (kryty głos 32-stopowy), a najkrótsze to pojedyncze centymetry. Traktura gry i registracji instrumentu – mechaniczna, dla II manuału zastosowano wspomaganie dźwignią Barkera. Niektórzy specjaliści oceniają barwę ich dźwięku wyżej, niż sławniejszych organów w Oliwie czy Leżajsku.
W każdą sobotę (a w sezonie letnim codziennie od poniedziałku do soboty), o godzinie 12:15, odbywają się koncerty organowe z udziałem znakomitych wykonawców. Wstęp wolny, dochód z koncertów przeznaczony jest na renowację fary. Po koncertach można zwiedzać podziemia kościoła. Dodatkowo w okresie letnim, w czwartkowe wieczory, odbywają się Staromiejskie Koncerty Organowe.