W 1918 hetman Pawło Skoropadski mianował go przedstawicielem ukraińskim do kontaktów z Niemcami. W 1918 kontradmirał Kłoczkowski był naczelnym dowódcą Floty Czarnomorskiej Hetmanatu.
Następnie rozkazem generała Antona Denikina został wyznaczony dowódcą Floty Ukraińskiej i komendantem portu w Sewastopolu. Był także prezesem Związku Wojskowych Polaków.
Służba wojskowa w Polsce 8 kwietnia 1919, po powrocie do Polski, przyjęty został do Wojska Polskiego, w stopniu generała podporucznika marynarki. Dwa dni później przydzielony został z dniem 3 marca 1919 do rezerwy oficerów WPDz. Rozk. Wojsk. Nr 50 z 8 maja 1919, poz. 1581, 1585.. Następnie został mianowany nieetatowym zastępcą szefa Departamentu dla Spraw Morskich przy Ministerstwie Spraw Wojskowych w Warszawie. Reprezentował Polskę w Paryżu na konferencji pokojowej oraz Ligę Żeglugi Polskiej na Kongresie Sprzymierzonych Lig Morskich. Od 1919 był pełnomocnikiem wojskowym i morskim przy Poselstwie RP w Londynie. Zajmował się sprawami budowy oraz modernizacji okrętów. 28 lutego 1922 został odwołany z Londynu i wyznaczony na stanowisko szefa Oddziału Administracyjnego MSWojsk.