Z danych Bractwa wynika, że może znajdować się on w Krypcie 87. Po odzyskaniu urządzenia Wędrowiec ponownie zostaje napadnięty przez Enklawę i wzięty do niewoli.
Wędrowiec zostaje przesłuchany przez pułkownika Augustusa Autumna, a następnie wezwany do gabinetu prezydenta Edena. Autumn, wbrew woli prezydenta, atakuje bohatera, który wywalcza sobie drogę do biura Edena. Okazuje się on być superkomputerem, któremu oddano dowództwo nad siłami Enklawy na Wschodnim Wybrzeżu Stanów Zjednoczonych. Prezydent przekazuje Wędrowcowi fiolkę ze zmodyfikowanym wirusem FEV mającym na celu uśmiercenie wszelkich zmutowanych form życia, które się z nim zetkną. Po ucieczce z bazy Enklawy postać wraca do Cytadeli, gdzie otrzymuje ostatnie zadanie – odbicie projektu „Oczyszczenie” z rąk Enklawy. W czasie walk dochodzi do uszkodzenia części urządzeń, wobec czego doktor Li nalega na natychmiastowe uruchomienie instalacji, która w przeciwnym razie eksploduje. Jedynym sposobem na osiągnięcie celu jest poświęcenie osoby, która uruchomi systemy. Gracz ma możliwość wyboru, czy poświęcić siebie, czy córkę dowódcy Bractwa – Sarę Lyons.